《规划》立足自贸试验区产业发展基础，突出福建省对台产业合作和实施“海丝”战略两大特色，积极对接“互联网＋”和实施“中国制造2025”行动计划，提出重点发展商贸服务、航运服务、现代物流、金融服务、新兴服务、旅游服务和高端制造七大产业集群，集聚发展总部经济、平台经济、离岸经济等新业态，加快产业转型升级，深化功能创新，打造福建产业发展新高地。
据福建省发展和改革委员会副主任张福寿介绍，《规划》明确平潭、厦门、福州等三个片区强化特色，差异、协调发展，形成福建自贸区的整体合力。其中，平潭片区布局港口经贸区、高新技术产业区和旅游商贸休闲区3个功能区，着力打造对台投资贸易自由先行区、服务台胞生产生活示范区、两岸高端制造业融合发展平台和国际旅游岛，并逐步向国际自由港拓展。
厦门片区布局两岸贸易中心核心区、东南国际航运中心海沧港区２个功能区，着力打造东南国际航运中心、两岸贸易中心、两岸区域性金融服务中心及新兴产业和现代服务业合作示范区。
福州片区布局福州经济技术开发区和福州保税港区2个功能区，着力打造面向国际的先进制造业基地、21世纪海上丝绸之路沿线国家和地区经贸合作的重要平台、两岸服务贸易合作示范区、两岸金融创新合作示范区。
《规划》提出福建自贸区产业发展总体目标：到2019年，培育形成一批具有国际竞争力的现代服务业和高端制造业产业集群，基本建设区域性国际航运物流中心、区域性国际贸易中心、两岸金融服务中心、两岸新兴服务业合作示范区、国际休闲旅游目的地和两岸高端制造业基地。