农产品流通产业已成为农村经济发展中最活跃的产业之一。据统计，2012年我国生产的农产品商品量约为16亿吨(不计木材)，较2007年增长29.6%，高出同期总产量增速12.3个百分点。而2012年我国进入流通领域的实体农产品的价值总额为2.24万亿元，占当年社会物流总额的1.78%;亿元以上的农产品交易市场1672个，成交总额1.61万亿元，其中以批发为主的市场有979个，成交额1.39万亿元;以零售为主的市场有693个，成交额0.22万亿元。同年，我国农贸市场数量稳定在2.5万家左右，与农产品零售相关的超市连锁总店(含折扣店，超市、大型超市和仓储会员店)568家，门店数量4.0113万家，商品销售总额5893.96亿元。
不过，目前我国农产品市场流通体系还不健全，基础设施总体薄弱、信息不对称、产销组织化偏低的问题仍然突出。特别是近年来随着市场化、国际化程度的稳步提高，农业和宏观经济的互动性增强，农产品市场与国际市场的联动性增强，鲜活农产品市场波动加剧，部分地区出现买难、卖难交替的情况，价格的暴涨暴跌也时有发生。
1、地区发展不平衡,中西部地区和农村产地市场发展不足
目前农产品批发市场的建设速度和发展程度,中、西部地区明显低于东部地区,农村远远落后于城市。全国成规模的农产品批发市场共4300多家,其中70％分布在东部地区,中、西部地区仅分别占20％和10％左右。总体上看,大中城市作为商品农产品的集中消费地区,其销地批发市场的发展比较充分,设施条件较好；而农村地区,特别是中部粮棉油和蔬果主产区、以及西部特色农业地区的产地批发市场发展不足。这是落实统筹城乡发展和区域协调发展重大战略必须解决的一个问题。
2、基础设施薄弱,与现代流通业态对接的配套设施建设滞后
总体上看,目前大多数农产品批发市场仍然停留在提供交易场地等最简易的条件,不少市场还缺乏遮阳避雨的交易棚厅,特别是一些产地批发市场的设施简陋,交易环境差,水、电、路等公共设施保障能力不足,消防安全设施建设不到位。相当部分批发市场缺乏信息服务、质量检测、电子统一结算、安全监控、垃圾处理等配套服务设施,进入市场交易的农产品质量安全存在隐患。农产品分选包装、冷藏保鲜、冷链物流和配送等设施更加奇缺,而这些都是建设现代化的农产品批发市场、完善市场服务功能的重要基础条件。
3、经营管理粗放，市场秩序比较混乱
多数农产品批发市场交易方式落后,市场管理“重收费轻服务”,停留在一般的物业管理与收费,以及卫生、保安等管理上,缺乏为商户提供便捷的交易结算、信息查询、冷藏保鲜等配套服务。用现代信息技术加强和改善市场运营管理还做得不够,对市场内商流、物流、人流缺乏及时有效的协调掌控机制与手段,往往处于自发、无序即“乱哄哄”的状态。欺行霸市、假冒伪劣等现象时有发生。管理制度不够规范和健全。
4、流通主体组织化程度低,营销规模小、效率低
由于农民个体户或农村经纪人是目前承担农产品运销的主要力量,农民专业合作组织的发展起步较晚,农产品批发市场内大多数经销商的营销规模小、效率低,缺乏有实力、信誉好、规范化的大批发商、代理商组织,因此不能形成稳定的、规模化的农产品供应链条。而且,运销商与生产者之间是一种买断关系,这样既不利于提高农民在市场交易中的谈判能力,又不能使农民分享流通环节的利润。
5、流通成本费用偏高,不利于维护生产者和消费者的利益
我国农业受农户家庭小规模经营方式的制约,农民缺乏组织起来进入市场或发展农产品直销业的载体和渠道。一般说来,农户生产的商品农产品运送到附近的产地批发市场出售或由市场收购商直接到地头收购,然后由长途运销商运到大中城市销地批发市场,一些大城市如北京还形成了一级、二级、三级批发市场,经过这些批发市场将农产品扩散到社区集贸市场、超市及团体消费单位。中转环节多,费用高,除了运输费用（租车费、油钱、过路过桥费等）以外,在城市批发市场和社区集贸市场从事批发、零售业务的也都是农民工,他们一方面要缴纳摊位费、市场管理费和税收等,另一方面,拖家带口“吃喝拉撒住”是一笔可观的开支。因此,农产品流通环节层层加价、层层盘剥的问题是个顽症。
据连续4年跟踪调查的结果,在冬春季节,气候比较正常的情况下,山东省青州市农民用大棚生产的黄瓜,运到寿光批发市场以每公斤5角钱左右的价格出售,运到北京新发地批发市场,以每公斤1.00－1.30元价格批发给中间商或集贸市场的摊主,集贸市场以每公斤2.20－2.80元左右的价格销售。据此推算,每公斤黄瓜的零售价格中,生产者即农民的出售价仅占17.9％－22.7％,零售价相当于产地农民出售价的4.4倍至5.6倍。而世界发达国家,农产品流通环节的费用成本（包括清洗、分选、包装、冷藏运输等）和利润通常占零售价格的70％,生产者出售价格占30％。我国农产品流通的现实状况是,“农民没有得到实惠,消费者没有少花钱”。
6、法律法规建设滞后,制约农产品批发市场健康发展
我国农产品批发市场的兴起发展已走过20多年历程,但至今没有一部国家统一的关于农产品批发市场的法律法规,农产品批发市场的性质、地位不明确,对行业发展和政府行为都缺乏法律法规的支撑和约束,市场税费负担过重、相关合法权益缺乏保障等问题长期得不到解决。