第一，农民收入与城乡差别问题
近五年农民人均纯收入增幅虽然呈现“两高”，一是高于城镇居民人均可支配收入增幅，二是高于GDP增幅，这是可喜的，但城乡差别仍居高位。增加农民收入，缩小乃至消除城乡差别意义十分重大。
“小康不小康，关键看老乡”，是很实在的一句话。中国经济发展进入新常态，以出口与投资为主转向以拉动内需的消费为主，关键在于大幅度提升农民的消费水平。2014年全国消费比上年增长7.5%，对GDP增长7.4%的贡献率为51.2%，是这一转变的重要标志，其中城市增长5.8%，农村增长10%，农民的恩格尔系数下降，文化消费需求大幅提升，而农村第三产业发展滞后，占GDP的比重仅相当于城市的1/4，由此可见农村消费的巨大潜力。大力发展第三产业将是“十三五”调整农村产业结构的重点。
第二，土地制度问题
“三农”问题说到底是农民问题，农民问题的核心是土地问题，土地问题的要害是产权问题，也就是长期以来集体所有产权主体为农民处于“虚化”状态，成为土地严重流失的重要因素。
中央指出，市场在资源的配置中由原来的“基础性”作用改为“决定性”作用，具有很强的现实意义。而农村土地资源的配置起“决定性”作用的是地方政府而不是市场，与中央的方针严重背离。具体表现在地方政府既垄断一级市场，用行政手段以低的价格征收和征用农民集体所有的土地，又同时经营二级市场，以高的价格出售给开发商和房地产商，从中获得巨额的差价收益，以地生财，成为财政收入的重要来源。在“十三五”期间，决不能允许这种做法继续下去，应下决心加以改革：放开一级市场，退出二级市场，价格由市场形成，属公益性用地的，由政府买单，走市场化道路。当然这涉及地方财政来源的重大问题，需要有配套的措施。
第三，粮食安全问题
在中国，这是一个永恒的话题和长期坚持而不能动摇的基本方针。“十三五”期间，为确保粮食生产安全，做到基本自给，一定要大幅度降低生产成本，提高国际竞争力，从而减少进口，决不能把粮食供给寄托在进口上。在发生粮食减产时，出口国往往惜售，有钱也买不到粮食，难以渡过难关。在国内也出现过类似的情况，决不能掉以轻心。深切理解粮食是关系人民生命和社会安定具有公益性很强的特殊产品。总之，为确保粮食安全就要采取综合措施，使从事粮食安全的农民和企业的收入不低于从事经济作物生产和工商业的收入水平。
第四，财政投入问题
党的十七届三中全会首次提出我国已经进入“工业反哺农业、城市支持农村”的新阶段，需解决农业基础脆弱，后劲不足，在国民经济中处于薄弱环节的问题，接着又提出“三农”工作是全党工作的“重中之重”，可见中央对此是高度重视的。但现阶段在深层次的城乡二元结构尚未根本改变的情况下，这些理念和主张很难落实。为此，在“十三五”计划中应提出提高“三农”在财政总支出比重的具体指标，并加以落实，此外，在耕地占用税、农村金融、农村合作经济组织等方面需矫正，使之发挥其本来的作用。
关于扶贫工作，虽很有成效，但投入资金的效益不好。这涉及实现小康目标的重大难点，是“十三五”期间攻坚的重点，特别是山区与少数民族地区，需要把扶贫措施落实到贫困户，并建立起防止反弹的机制。
总之，在“十三五”期间，在改变“三农”弱势状态和城乡二元结构方面能有较大的突破。迄今为止，农业仍是弱势产业，农民（包括进城的农民）仍是弱势群体，农业部是农村经济综合管理部门，很多职能被其他部门分割与肢解。支农资金的使用分兵把口，层层截流，损失严重。希望在国务院机构改革中能有所转变。在此情况下，建议利用两项有力手段推进农村改革与农业现代化：一是农村改革试验区，二是固定观察点。在取得第一手改革成果与总结经验的基础上向中央提出建议，作出决定，在全国推行。